rRNA去除试剂盒
Lexogen的RiboCop 细菌核糖体RNA去除试剂盒基于磁珠捕获（无酶促反应），自动化友好的工作流程去除细菌总RNA中的rRNA。RiboCop input范围宽泛(1 ng – 1μg)，适用于完整的及降解的RNA。针对革兰氏阴性、革兰氏阳性和混合细菌种类进行优化的探针设计以确保转录组结果的无偏差（无脱靶效应），同时有效地去除23S、16S和5S rRNA。
细菌中rRNA的含量可高达98%，对于细菌转录组分析来说具有一定的挑战性，特别是在分析复杂细菌群落的转录组时，难度更大。Lexogen的RiboCop rRNA去除试剂盒可有效地从混合细菌样品或单一菌株中去除23S、16S和5S rRNA。兼容完整的以及降解的RNA样本，工作流程简单、高效。rRNA去除后的RNA样品适用于NGS文库的制备及类似的应用，为细菌转录组组成提供一个全面的分析方案。
RiboCop通过杂交捕获去除不需要的rRNA
RiboCop采用一套亲和探针，可从完整的及降解的RNA中特异和高效地去除rRNA序列。Lexogen精密的探针设计最大限度地减少了可能导致NGS数据发生偏差的脱靶效应。Input量可低至1 ng，高至1μg的总RNA，取决于样品组成和使用的产品类型。rRNA去除试剂盒中的探针池可用于革兰氏阴性(G-，Cat. No.126)和革兰氏阳性细菌(G+，Cat. No.127)以及混合细菌物种(META，Cat. No.125)。流程中不涉及酶反应或机械剪切步骤，保留完整的转录本用于下游分析(图1)。RiboCop基于磁珠法的核糖体RNA去除以及纯化回收，整个流程自动化友好型(图1)。1.5小时内即可完成rRNA去除的处理。处理后的RNA样品可直接进行NGS文库的制备，例如可使用CORALL Total RNA-Seq library preparation Kits (Cat.No.095)或基于接头连接的建库流程，如Lexogen的小RNASeq文库准备试剂盒(Cat. No. 052)。
工作流程
图1 | RiboCop工作流程示意图。亲和探针与总RNA混合并变性，在高温下进行杂交；用链霉亲和素磁珠去除溶液中与亲和标记探针杂交的核糖体RNA；最后通过磁珠对保留下来的RNA进行纯化回收。
RNA input范围宽、性能表现优异、转录组丰度无偏差
核糖体RNA占到细菌转录本的98%。有效去除rRNA可以大幅降低测序成本，并实现对细菌转录组的全面分析。为展示RiboCop 细菌核糖体RNA 去除试剂盒的性能，用RiboCop 革兰氏阴性rRNA去除试剂盒对E. coli 的总RNA进行rRNA去除处理 (input：1 ng – 1 μg)。对于所有测试input量，RiboCop有效地将rRNA reads数从98%降低到1- 3%(图2)，同时维持转录组丰度的无偏差（无脱靶效应，图3）。
图2| RiboCop细菌rRNA去除试剂盒有效地去除rRNA。使用Lexogen CORALL Total RNA-Seq Library Prep Kit制备NGS文库。在Illumina NextSeq500 (1×75 bp)上测序，测序数据通过BBMap比对到MG1655参考基因组。通过测序和随后分析未处理的(总RNA)和rRNA去除的的大肠杆菌RNA中剩余rRNA reads比例，比对到rRNA的reads数百分比用蓝色标示，RiboCop有效去除rRNA。
图3 | RiboCop在有效去除不需要的rRNA的同时维持转录组丰度的无偏差
在宏转录组样本上的性能表现
RiboCop META rRNA去除试剂盒是专门针对复杂的样本而设计，用于混合细菌样本，如环境群落或微生物组样本的rRNA去除。RiboCop META rRNA去除试剂盒的性能如表1所示，样本为粪便提取的低质量微生物组样本。META rRNA去除试剂盒也可以用于单一菌株培养物，input量可达100 ng总RNA(图4)。RiboCop METArRNA去除试剂盒可有效的去除复杂的微生物组样本以及单一菌株样本中的rRNA,同时保持转录组结果的保真性(图5)。另外，RiboCop性能上优于竞品（图6）。
表1 | 宏转录组样本中rRNA的去除效率
图4| RiboCop META rRNA的去除试剂盒有效去除各种细菌的rRNA。使用META探针对不同种类的从单一培养菌株进行rRNA去除（input量：10ng，100ng）。文库准备和测序如图2所示。测序结果分别与大肠杆菌MG1655、P. aeruginosa PAO1和B. subtilis 168的基因组比对。比对到rRNA的reads数百分比用蓝色标示。
图 5 | RiboCop META保持转录组丰度的保真性。在三种不同物种细菌样本中，100 ng RNA input量，未处理样本与使用RiboCop META处理的样本间转录丰度的高度相关R2 ≥ 0.97。文库准备、测序和数据分析如图2所示。测序数据分别于大肠杆菌MG1655、P. aeruginosa PA01和B. subtilis 168参考基因组进行比对。
图6丨Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus对不同物种rRNA的去除效率
表2 |RiboCop有效去除所有的rRNA种类
不同RiboCop rRNA试剂盒：革兰氏阴性(G-)和革兰氏阳性(G+)细菌及混合细菌样本(META)对rRNA的去除效率。将大肠杆菌、枯草芽孢杆菌以及铜绿假单胞菌的100 ng总RNA用相应的rRNA去除试剂盒进行处理。处理后样本用CORALL制备文库，在 NextSeq500 (1×75 bp)上测序，并使用BBMap将数据比对到各自的参考基因组上，以评估每个类别的rRNA reads百分比。未处理的总RNA作为对照。rRNA百分比为两次以上实验的平均值。
良好的重现性和无脱靶效应
RiboCop表现出极好的稳定性的和重复性。相关图显示了不同重复之间极好的重现性(图7)。图2和图5额外显示未经处理的与ribo-depleted样本转录本丰度之间有高度的相关性：不同的input范围(1 ng-1μg 图2)，以及跨越不同物种(图5)。表明RiboCop去除细菌rRNA不会产生脱靶效应。
图7 | RiboCop表现出极好的重现性。以10ng总RNA为input量的两个独立实验结果表现出很好的一致性。总RNA分别用RiboCop革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌rRNA去除试剂盒处理。文库制备、测序和数据分析如图5所示。
订购信息：
| Product # | Product | Kit Size |
| 125.24 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Mixed Bacterial Samples (META), 24 preps | 24 |
| 125.96 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Mixed Bacterial Samples (META), 96 preps | 96 |
| 126.24 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria (G-), 24 preps | 24 |
| 126.96 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Negative Bacteria (G-), 96 preps | 96 |
| 127.24 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Positive Bacteria (G+), 24 preps | 24 |
| 127.96 | RiboCop rRNA Depletion Kit for Gram Positive Bacteria (G+), 96 preps | 96 |
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